
クリニック・医院(内科、小児科、整形外科など)の
税理士・申告サービス
クリニック向け 経理・税務顧問サービスのご案内
税理士法人YFPクレアでは医院(クリニック)の経営者の先生方へ、
経営のお手伝いができる様、経理・税務顧問サービスなど、様々な支援メニューを用意しております。

- . クリニック・医院(内科、小児科、整形外科など)の税理士・申告サービス
- 1. クリニック向け 経理・税務顧問サービスのご案内
- 2. 税理士法人YFPクレアのクリニック様向け 税務サポート
- 2.1. 税理士・公認会計士・社会保険労務士・行政書士・FPでワンストップサービス
- 2.2. クリニック経営の税務サポートに強い税理士法人です!
- 2.3. 面談は原則年2回(決算前の着地打合せと申告後の総括と翌年の予算策定)、税理士もしくは会計士がおうかがいします!!
- 2.4. クリニックのM&Aや事業承継のサポートも致します
- 3. 税理士に対するこんな不満がありませんか!?
- 4. 税理士法人YFPクレアのクリニックサポート内容
- 4.1. 全国のクリニックとの比較 適切な税務アドバイス
- 4.2. クリニック開業前から財務もサポート
- 4.3. MS(メディカルサービス)法人を設立してコストを下げる
- 4.4. 個人事業⇒医療法人設立支援
- 4.4.1. 医療法人設立のメリット・デメリット
- 4.4.1.1. メリット
- 4.4.1.2. デメリット
- 4.4.2. 医療法人を作る時期によって、税金が数百万円違う
- 4.4.2.1. 例
- 4.4.3. 持ち分無し医療法人では利益を出しすぎると交際費がゼロになる
- 4.4.4. 一般社団法人・一般財団法人を設立して診療所をするケース
- 4.5. 銀行融資をサポートいたします
- 4.6. ホームページのSEO対策支援(リスティングから徐々にスイッチ)
- 4.7. 豊富な代行オプションで経理もサポート
- 4.8. チャットワークで円滑なコミュニケーション
- 5. クリニック業界動向に関する所見
- 5.1. 診療所も二極化が進む!将来を見据え、競争を生き抜く経営を!
- 5.2. MFクラウド会計・freee・弥生会計オンラインなどのクラウド会計対応
- 6. 科目ごとの経理・会計・税務の特徴
- 6.1. 医科診療所の診療科目別の医療費の推移
- 6.2. 内科
- 6.3. 小児科
- 6.4. 婦人科・女性科
- 6.5. 整形外科
- 6.6. 眼科
- 6.7. 耳鼻咽喉科
- 7. クリニックの分院展開
- 8. お客様の声 医療法人財団青山会 理事長 高屋淳彦様
- 9. クリニックに精通した担当者が全力で支援します
- 10. 税理士サポート料金 & サポート内容
- 10.1. 税理士サポート料金 毎月訪問プラン 個人事業
- 10.2. 面談回数や記帳代行の有無の変更自由
- 10.3. 税務調査に関する確かな実績
- 11. 初回相談【無料】
- 11.1. クリニック専用の就業規則を無料でプレゼント
- 12. お問い合わせフォーム
- 13. 関連ページ
税理士法人YFPクレアのクリニック様向け 税務サポート
税理士・公認会計士・社会保険労務士・行政書士・FPでワンストップサービス
YFPクレアは税理士、公認会計士、社会保険労務士、FPが在籍しています。
税理士が会計や税務、社会保険労務士が給与計算・社会保険・助成金、行政書士が都道府県への届出など、ワンストップでトータルサービスさせていただいております。
クリニック経営の税務サポートに強い税理士法人です!
医業のサポートがなぜ難しいかというと、普通の税理士は税法に照らして、問題ないようにアドバイスをしますが、医業の場合には医師法や都道府県の指導要領があり、税法だけを考えた答えだと間違えることがあります。例えば、税務上は医療法人とMS法人の取引は自由ですが、都道府県の許容しない取引をするといろいろな許認可が下りなかったり、場合によっては知事宛てに報告書を提出しなければならないことがあります。
よくある税理士変更の例として、顧問税理士が医業に関して詳しくない、クリニックの顧問先を数件しか持っていないという事があります。
税理士法人YFPクレアでは、約100件ほどのクリニック様をサポートしている実績があります!
ご安心してお任せ下さい!
面談は原則年2回(決算前の着地打合せと申告後の総括と翌年の予算策定)、
税理士もしくは会計士がおうかがいします!!
会計資料は毎月いただいて、試算表は毎月データで最新版をお渡します。必要なお打合せはzoomやチャットワークでのビデオ会議で随時おこないます。緊急の場合にはご来所頂ければいつでもご対面相談も可能です。
クリニックのM&Aや事業承継のサポートも致します
クリニックの承継や売却のアドバイザーとして、FA(ファイナンスアドバイザー)や承継契約の確認等をいたします。
最近の事例紹介
A小児科クリニック
2020年 場所 葛飾区 形態 個人クリニックの事業譲渡
開業されていた小児科さんが閉院することとなり、開業希望だった先生がクリニックを譲り受ける。
対価800万円(一度都合により閉院したため、相場より安くなった)
B内科クリクリニック
2019年 場所 東京都西部 形態 親子承継(個人クリニック)
お父様が引退するため、病院勤めのお子さんに承継した。
対価ゼロ円
クリニックの建物と機材がお父様の所有だったため、息子さんに賃貸することによって
1,息子さんの開業初期費用が安くなった
2,お父様の今後の収入の目途が立った
Cクリニック
2020年 場所 福島県 形態 病気により緊急承継(個人クリニック)
医院長が病気入院のため、ご相談から数週間で承継した。
各種契約書の作成、許認可、銀行の借入金の対応がハードだった。
税理士に対するこんな不満がありませんか!?
・レスポンスが悪い
・黒字なのでそれほど相談したいことが無い
・毎月訪問は必要ない
・書類の整理などが猥雑で事務作業に時間を取られる
・医療法人や分院展開に詳しくない
・そもそも担当が税理士ではない
・クラウド会計に詳しくない
・節税のアドバイスが無い
税理士法人YFPクレアのクリニックサポート内容
全国のクリニックとの比較 適切な税務アドバイス

全国数万件のクリニック様の財務情報と比較、膨大な情報に基づく分析を行うことが可能です。その結果、現在のおかれている状況を的確に報告。将来の成功プランについて経営者様と一緒に考えていきます。
私たちが参照している膨大な情報の一部をご紹介します。
全国の内科の医療法人との比較・分析
こういった情報と照らし合わせながら、お客様の状態や今後の方針等を提案し、最も良い方法が取れるよう、経営者様と一緒に考えています。
クリニック開業前から財務もサポート

税理士法人YFPクレアではクリニックの開業前からサポートも可能です。
必要な初期費用金額を出したり、資金調達などクリニックの税務だけではなく、財務のサポートも行います。
1年間の損益計算書、資金計画書、減価償却費、借入金等を計算し、健全な経営ができるようにクリニックを開業する前からサポートします。
MS(メディカルサービス)法人を設立してコストを下げる
個人事業のクリニックの場合に、MS法人を利用することによってコストを削減することができる場合がります。
1、クリニック用の不動産を所有して節税する
2、MS法人で人員を採用して、クリニックの業務を行う(この場合にMS法人で医療行為が出来ない事や、医師、看護師等の派遣は禁止されていることに注意してください)
3、社会保険料を節約する(医師国保加入の場合にはご注意ください)
*医療法人に併設するMS法人はメリットが少ないことがあります。十分にシュミレーションしてください。
個人事業⇒医療法人設立支援

はじめは個人開業ではじめつつ、事業が軌道に乗ったら法人化を検討される医院様が多くいらっしゃいます。法人化における相談や手続きに関しても対応可能です。
概算経費の保険診療5000万円を超えて、おおよそ7000万円くらいから医療法人のシミュレーションを開始します。
YFPクレアでは個人事業のクリニック様に関しては、毎年の確定申告終了の報告時に、医療法人のシミュレーションをお持ちしてご説明しています。税金だけでなく、社会保険料や生命保険、税理士報酬なども考慮した総合的なシミュレーションが必要です。
医療法人設立のメリット・デメリット
医療法人の設立にはメリットとデメリットがあります。
メリット
・税金がトータルで安くなる
・法人ならではの節税が出来る
・分院展開が出来る
・採用に有利
デメリット
・お金が自由にならない
・社会保険料が高くなる
・医療法人の出口戦略が必要
医療法人を作る時期によって、税金が数百万円違う
医療法人の設立は各都道府県や政令指定都市に申請して、だいたい半年程度で許可が下りて医療法人を登記することができます。
ここで注意点があり、医療法人を設立登記することと保険診療を法人で開始することは違います。
つまり、各都道府県によって違いますが、法人設立から1年間程度は保険診療を開始しないことができます。
そうしますと、
①個人最後の事業年度で概算経費特例(措置法26条)を使うかどうか
②法人最初の事業年度で概算経費特例(措置法26条)を使うかどうか
③①と②の両方を使うかどうか
のシミュレーションが必要となり、特に③で個人と法人の両方で概算経費特例を使い節税する場合には数百万円の税金が減るケースがあります。この場合は都道府県等の申請する段階から適切な決算期を決めて申請しないといけないので、早めにご相談ください。
例
令和2年 個人事業 通常申告
令和3年 個人事業 1月ー5月 概算経費特例
令和3年 法人 6ー10月 概算経費特例(理事報酬は低めに設定します)
令和3年11月ー令和4年10月 法人 通常申告
*医療法人化が得意な税理士に早めにご相談ください。YFPクレアでは、毎年3-6件の医療法人化をお手伝いしております。
持ち分無し医療法人では利益を出しすぎると交際費がゼロになる
医療法の改正により最近作られる医療法人は基金拠出型医療法人が多く、出資金がありません。そのため、交際費の800万円の枠があるかどうかの計算が純資産額によります。
具体的には、出資の金額に準ずる額の計算式は以下の通りです。
<出資の金額に準ずる額>
(期末総資産簿価-期末総負債簿価-当期利益(または+当期欠損金))×60%
この金額が1億を超えると交際費の使える枠はゼロ円となります。
よくある間違いとして、医療法人で不動産を購入して医院長社宅などに充てるケースがあります。
解散の時の残余財産が分配されないので、退職金で不動産をもらいましょうと言う税理士もいるようですが、高額な不動産を医療法人で購入すると、通常はだんだんと純資産が多くなり交際費が使えなくなります。
弊社では、なるべく不動産は医療法人ではなく、MS法人か個人で所有していただくようにお願いしています。
一般社団法人・一般財団法人を設立して診療所をするケース
あまり多くはありませんが、医療法人ではなく社団法人などでクリニックを運営するケースがあります。都道府県等を通さずに、保健所の許可だけで開設できます。医療法人の設立よりは、難易度は高く時間もかかります。
こちらは都道府県等を通しませんので、2年間の実績なしに新規のクリニック開業時から法人化することも出来ます。
品川保健所や新宿保健所などで実績がありますので、ご相談ください。
銀行融資をサポートいたします
新規創業、設備の増強、店舗移転等での資金のニーズはありませんか。
クリニックの融資実績も多数ありますので、事業計画の策定や金融機関との折衝についてもアドバイス可能です。
○融資実績の例
品川区 眼科 開業資金 9000万円
足立区 整形外科 分院開業資金 6000万円
大田区 小児科 分院開業資金 4000万円 など多数
ホームページのSEO対策支援(リスティングから徐々にスイッチ)
開業当初や自費診療のために、リスティングなどの有料広告を出す場合があります。
もちろん有効ですが毎月数万から数十万円かかることもあります。
ある程度の段階で、SEO対策を強化していただければと思います。
私共も以前は税理士法人として毎月50万円以上広告していましたが、いまではそれ以上のお問い合わせを無料(作業人件費は必要ですが)でいただいております!!
豊富な代行オプションで経理もサポート

税務だけではなく、給与計算などの経理業務もオプションでサポートしております。
分院別の部門別試算表にも対応しております。
給与計算、年末調整、社会保険の手続きなども代行しております。
チャットワークで円滑なコミュニケーション

税理士法人YFPクレアは、全スタッフがチャットワーク導入済みです。
チャットワークは、LINEのようなチャットツールで、ビジネス用に特化されています。
- 官庁も採用する高セキュリティ
- 添付ファイルの保存期間も長い
- 検索もスムーズ
- 電話やテレビ会議の機能があるからが都合次第ですぐに相談も可能
- 税理士、税務担当、労務担当を含めた情報共有
もちろん、チャットワークなしでも、メールや電話での対応は可能ですが、
チャットワークをご利用頂くことで、より迅速に、より相談しやすくなるのでオススメしております。
クリニック業界動向に関する所見
診療所も二極化が進む!将来を見据え、競争を生き抜く経営を!
医療業界は、現在まさに転換期となっております。
最近の動向では病院ばかりではなく、診療所クリニックに関しても、二極化が進んでいます。
患者さんやはたらくスタッフのためにを意識した取組を行い、目的である適正な利益を出していただければと思います。
MFクラウド会計・freee・弥生会計オンラインなどのクラウド会計対応
クラウド型の会計ソフトMFクラウド(マネーフォワード)やfreee、弥生会計オンラインさんにも対応致します。
最近のクラウド会計を利用して、レセコンやレジと連動させることによって、会計業務を効率化されるクリニックが増えております。
100件以上のクラウド会計の導入実績がありますので、お気軽にご相談ください。税理士法人YFPクレアでは、院長先生のご要望に合わせて会計ソフトをご提案致します。
対応ソフト:MFクラウド会計・freee・弥生会計・会計王・TKCなど
クリニック様向け MFクラウド会計・確定申告 forクリニックの詳しい内容はこちら>>>
科目ごとの経理・会計・税務の特徴
医科診療所の診療科目別の医療費の推移
主たる診療科目別の単価の推移です。
全体 | 内科 | 小児科 | 外科 | 整形外科 | 皮膚科 | 産婦人科 | 眼科 | 耳鼻咽喉科 | その他 | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
平成25年度 | 6,419 | 8,188 | 5,209 | 6,247 | 3,819 | 3,892 | 5,928 | 6,506 | 4,098 | 8,253 |
平成26年度 | 6,494 | 8,245 | 5,274 | 6,354 | 3,904 | 3,937 | 5,999 | 6,818 | 4,201 | 8,306 |
平成27年度 | 6,595 | 8,384 | 5,271 | 6,543 | 3,981 | 3,941 | 6,044 | 6,989 | 4,266 | 8,369 |
平成28年度 | 6,596 | 8,373 | 5,279 | 6,592 | 4,004 | 3,915 | 6,061 | 7,088 | 4,301 | 8,291 |
平成29年度 | 6,696 | 8,499 | 5,362 | 6,750 | 4,100 | 3,909 | 6,131 | 7,268 | 4,388 | 8,372 |
平成30年度 | 6,762 | 8,566 | 5,428 | 6,864 | 4,140 | 3,908 | 6,205 | 7,469 | 4,454 | 8,400 |
令和1年度 | 6,905 | 8,745 | 5,553 | 7,103 | 4,255 | 3,932 | 6,241 | 7,740 | 4,532 | 8,471 |
令和2年度 | 7,273 | 9,309 | 6,302 | 7,386 | 4,403 | 3,936 | 6,494 | 8,074 | 4,817 | 8,605 |
内科
1、租税特別措置法の活用について
内科の場合、保険診療収入が多くなる傾向があります。
その事業年度の保険診療収入が5000万円以下で総収入金額が7000万円以下で租税特別措置法が受けられます。
青色専従者給与を出す場合には、注意が必要です。
2、介護保険収入について
高齢化社会が進んだことにより、内科に付随業務として介護事業に参入する医療機関も少なくありません。
同一の病院・診療所が提供するサービスであっても、医療保険適用と介護保険適用では消費税の非課税範囲が異なります。
小児科
1、自費収入の計上について
小児科の場合には、予防接種など自費収入が多額になることがあります。
また、市区町村によっては特別な減税措置がありますので注意してください。
2、口コミについて
小児科の場合はとくに、お母さん方の口コミが新患に影響します。最近はネットの書き込みでトラブルになるケースも多くあります。googleは、外国で対応のために特に注意が必要です。
婦人科・女性科
1、自由診療収入の適正な計上
婦人科では、他科と比較して自由診療収入の比率が高い傾向があります。
そのため、税務調査時は必ず収入調査に時間を費やされています。
整形外科
1、消費税の非課税措置について
自動車事故の被害者に対する療養については消費税が非課税です。
これは自賠責保険の支払を受けて行われる療養の場合、任意保険や自費(加害者支払額)も非課税売上とされます。
また、医療機関が必要と認めた療養はすべて非課税になりますので、おむつ代、松葉杖賃借料、付添寝具料等を含みます。
2、リハビリに対しての診療所面積とPTさんたちのマネジメント
整形外科ではリハビリ収入が多くなることがります。開業時のリハ室の面積やPTさんたちの採用・教育・管理が必要となります。
眼科
1、手術等の収入
眼科は白内障などの手術がある場合がります。手術室の確保と手術時間をあらかじめ設定する必要があります。
2、設備費について
眼科の医療機器は高額なものが多く、開業時の借入金が多額になることがあります。資金シミュレーションを他の科目よりしっかりと行い、計画的にクリニック運営をするようにお願いします。
耳鼻咽喉科
1、小児科との競合とすみわけ
こどもの患者さんが多く、周りの小児科さんと競合することがります。主として保険診療収入がメインになります。
自由診療収入については、計上漏れを防ぎます。
クリニックの分院展開

開業して軌道に乗り、医療法人化して分院展開されるクリニックも多くいらっしゃいます。
事例:
- 板橋区 内科医院 練馬区に分院開業
- 新宿区 小児科医院 品川区、大田区、新宿区に分院開業
- 中野区 脳神経外科 足立区に分院開業
- 川崎市 小児科 新宿区に分院開業
- 品川区 整形外科 品川区に分院開業
など実績多数ございます。
分院開業に関する下記についてはご相談ください。
1、資金調達
2、分院長採用
3、分院の管理(事務長代行)
お客様の声 医療法人財団青山会 理事長 高屋淳彦様

系列法人がYFPクレアと顧問契約を結んでおり、税金や資金繰りの相談に対し真剣に取り組んで頂いていた経緯から、当法人もお願いすることになりました。
担当の方には懇切丁寧に取り組んで頂いており、フットワークも軽く、タイムリーにご対応頂けるところが魅力です。
クリニックに精通した担当者が全力で支援します

税理士・行政書士 柳田幸紀
私たちはクリニックに精通した税理士です。
院長先生方の悩みに応じて、他のクリニックの事例をもとに解決策をいっしょに考えていきたいと思っています。
また、税務調査に関しては数多くの実績がありますので、ご相談ください。
不動産投資や相続税などのご相談も多くいただいております。
税理士サポート料金 & サポート内容
年間収入1億以下の例 年2回税理士とお打合せプラン
月額 | 決算・申告 | |
---|---|---|
顧問料金 | 20,000円(税別) | 264,000円(税別) |
記帳代行料 | 15,000円(税別) |
毎月の月次試算表の提供と年2回の税理士とのお打合せをさせていただいております。
毎月の正確な数字は欲しいが、重要な打合せは税理士本人と年数回したい先生に向けたプランです。臨時のお打合せはご来所等いただければ対応させていただきます。
各クリニック様のご状況をヒヤリングを行い、必要に応じたサービスでお見積りさせて頂いております。詳細はお問い合わせください。
オプションサービス | 料金(税別) |
---|---|
開業届出 | 無料 |
補助金・助成金情報 | 無料 |
士業のご紹介 | 無料 |
税務調査の立会 | 無料 |
年末調整 | 1,000円/人~ |
法定調書 | 10,000円/回 |
償却資産 | 15,000円/回 |
社会保険 算定基礎届 | 17,000円 |
労働保険 年度更新 | 17,000円 |
給与計算 | 900円~ |
決算書・申告書の再発行・追加発行 | 2,000円/冊 |
決算書・申告書の紙発行 | 2,000円~3,000円 |
ホームページの作成 | 30,000円~ |
税理士サポート料金 毎月訪問プラン 個人事業
医療介護事業部の医療税務スタッフが毎月クリニックをご訪問して、密にお打合せさせていただくプランです。
しっかりと毎月のお打合せをご希望される先生向けのプランです。
項目 | 金額(税別) | 請求月 | |
---|---|---|---|
月額顧問料 | 月額 | 60,000円 | 毎月 |
決算申告料 | 年額 | 200,000円 | 12月 |
償却資産申告 | 年1回 | 15,000円 | 12月 |
法定調書合計表 | 年1回 | 10,000円 | 12月 |
報酬合計 | 年額 | 945,000円 | |
オプション | |||
消費税申告 | 年1回 | 150,000円 | 消費税申告がある場合 |
税務調査立会 | 日当 | 50,000円 | 税務調査時のみ |
面談回数や記帳代行の有無の変更自由
毎月の面談から年1回の面談、ご訪問面談やご来所面談など、ご希望のスタイルに自由に変更可能です。開業時は毎月の面談を行い、2年目からは数か月に1回の面談やzoomなどでのオンライン打合せも可能です。
丸抱えの記帳代行からスタートしても、事務長採用などによりクリニックで会計ソフトに入力するプランに変更することも出来ます。逆も可能です。
税務調査に関する確かな実績
1300件のクライアント総数によって、税務調査シーズンは毎週税務調査に対応しています。税務署案件だけでなく国税庁や査察案件も対応していますので、豊富な調査対応実績があります。
あるメンタルクリニックの税務調査では、医療法人特有の事情(基金拠出医療法人には持ち分がなく、理事の投票権は1人1票であること、理事長は医師としての給与と理事としての報酬の合計額が理事長報酬として支払われていることなど)により4000万円の追加税金を10分の1以下に減らすことができました。
YFPクレアには元税務署長の国税OBも在籍していたこともありますので、税務調査に関する高い品質があります。
初回相談【無料】
初回は担当者がお会いさせて頂き、院長のご要望等や経営課題のヒヤリングさせて頂きます。また、税理士法人YFPクレアのサービス内容をご確認いただき、ご希望に応じて、今後の顧問契約プランをご提示させて頂きます
クリニック専用の就業規則を無料でプレゼント
就業規則は常時10人以上のスタッフさんがいるクリニックには必須ですが、実は10人未満でも就業規則を作っておくと多くのメリットがあります。
就業規則はいわばクリニックの法律です。医院長先生がスタッフ全員に伝えたいことや守ってもらいたいことは、はっきりと就業規則に明記しておいてください。
問い合わせメールよりお問い合わせいただき「クリニック就業規則希望」と書いていただければ、ワードの就業規則のひな形をメール差し上げます。
お問い合わせフォーム

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